昭和２２年　４月３０日　設立が認可され、５月８日開校しました。この後、大島には分校が置かれました。 　昭和３７年　４月　１日　大島分校の生徒も本校に通学するようになりました。 　平成７年からは宮城県南郷中学校との交流があり、平成９年からは宮崎県南郷村（現在は美郷町）南郷中学校との交流も行われるようになりました。 　平成１１年に文部省・宮崎県教育委員会・南郷町教育委員会指定研究学校として武道を通した人間育成に取り組みました。 　平成１５年には文部科学省・宮崎県教育委員会指定研究学校として、学習指導カウンセラー派遣事業研究推進校として研究に取り組んでいます。 　現在は南郷小学校・潟上小学校との小中連携による指導について研究を進めています。さらに旧南郷町の榎原小学校・榎原中学校を含めた５校合同の研究会を進めています。 　平成２１年３月３０日　旧日南市・北郷町・南郷町が合併し、新日南市が誕生したことに伴い、日南市立南郷中学校に名称を変更しました。 部活動では 　昭和４２年、昭和４３年には県中学校体育大会でソフトボール部が優勝しています。 　昭和４３年には県中学校体育大会で駅伝部が優勝しました。後の陸上部の活躍に引き継がれていきます。 　昭和４７年には県中学校体育大会で女子軟式庭球部が団体優勝 　昭和５１年、昭和５２年には全日本中学生陸上選手権大会に出場する選手が出るなどの活躍をしています。 　平成元年には県中学校体育大会で弓道部が優勝、全日本少年軟式野球大会で準優勝 　平成２年には弓道部が九州大会に出場し、団体準優勝、個人優勝の栄冠に輝きました。陸上で九州大会優勝も出ました。 　平成４年には陸上部が県中学校体育大会で優勝し、県吹奏楽コンクールでは金賞をいただきました。 　平成６年には県中学校体育大会で男子バレーボール部が優勝 　平成７年には県中学校体育大会で野球部が優勝しました。女子ハンドボール部も南九州大会で優勝しています。 　平成９年には県吹奏楽コンクールで優勝、瀬戸内少年野球大会で準優勝、県中学校体育大気で女子ハンドボール部が優勝 　平成１０年には、県中学校体育大会で女子ハンドボール部、女子陸上部が優勝し、全国中学生空手道選手権大会にも出場しました。 　空手道部は平成１１年から現在に至るまで、県大会での活躍を見せています。 　平成１７年には、これまでの弓道部の活躍が認められ、競技力向上推進指定を受けました。